Blastp/PSI-Blast/PHI-BLAST都是蛋白序列与蛋白序列之间的Blast比对。

1，Blastp: 标准的蛋白序列与蛋白序列之间的比对

Standard protein BLAST is designed for protein searches.

Blastp用于确定查询的氨基酸序列在蛋白数据库中找到相似的序列。跟其它的Blast程序一样，目的是要找到相似的区域。

2，PSI-BLAST : 敏感度更高的蛋白序列与蛋白序列之间的比对

PSI-BLAST is designed for more sensitive protein-protein similarity searches.

Position-Specific Iterated (PSI)-BLAST，是一种更加高灵敏的Blastp程序，对于发现远亲物种的相似蛋白或某个蛋白家族的新成员非常有效。当你使用标准的Blastp比对失败时，或比对的结果仅仅是一些假基因或推测的基因序列时（"hypothetical protein" or "similar to..."），你可以选择PSI-BLAST重新试试。

3，PHI-BLAST : 模式发现迭代BLAST

PHI-BLAST can do a restricted protein pattern search.

PHI-BLAST, 模式发现迭代BLAST, 用蛋白查询来搜索蛋白数据库的一个程序。仅仅找出那些查询序列中含有的特殊模式的对齐。

PHI的语法详细介绍看这里：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/html/PHIsyntax.html （不过，不是太明白）

Lc.注：翻译得不好，请多多见谅。