ClustalX常见问题说明

CLUSTALX-是CLUSTAL多重序列比对程序的Windows版本。Clustal X为进行多重序列和轮廓比对和分析结果提供一个整体的环境。

这里总结一下在使用ClustalX做序列比对过程中一些常见的问题~

1,从网上看来说CLUSTALX软件使用的时候,开始要输入FASTA格式准备的DNA序列test.seq文件。请问这种文件怎么生成啊?记事本?

其实没有规定的文件名,不一定是叫test.seq,任何你想要的都可以,除了中文名(下面会说明)。主要里面的内容是正确的格式就行了~。Clustal支持的格式有多种,如NBRF/PIR, EMBL/SWISSPROT, Pearson (Fasta), Clustal (*.aln), GCG/MSF (Pileup), GCG9/RSF and GDE等

2,什么使用ClustalX时,总是导入不了序列,出现 ERROR:Can not open output file??

这个问题挺多人碰到过的~这是因为你导入的文件的路径包含有中文名。把文件放在其它地方看看。最好路径也不要有空格了。当然前提是你的格式要正确了。这个问题同样适用于ClustalW或其它dos类的软件

3,ClustalX比对后的结果中.aln文件是什么?

这个是序列比对结果的文件。关于这部分,你可以看如何把clusterX的结果转为漂亮的图片

4,ClustalX比对后的结果中.dnd文件是什么?

这个文件是系统进化树文件,需要装TreeView软件才能看(用Dnaman也可以的),进化树显示工具TreeView的下载地址:http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html

另外,在安装后打开.dnd文件时如果提示需要安装打印机,只需“我的电脑/控制面板/打印机和传真/添加打印机”,默认安装打印机的驱动就可以了~

12 回复
  1. says:

    前辈,谢谢你写了这么多好东西让大家分享,对我帮助很大!
    我有一个问题,网上写clustal做序列比对似乎上限是500个sequences,我不知道这个数字是包含了使用“append sequences”吗?如果是的,那要做几千的比对的话,只是拆成几组分别来做不大行吧~~~怎么办呢 [可怜]

    柳城 回复:

    那就不要clustal啊. 几千个,何苦clustal呢..

    回复:

    谢谢!那用什么您有没有建议?最好还能说明下需要的系统。针对较大数量的序列比对的。我为了自己的文章,刚接触这个。汗,我真的是很初级,呵呵

    柳城 回复:

    我不知你想要干嘛.. 没啥好建议的.. 用blast看看

    回复:

    谢谢指教!恩 我的目的是构造序列的系统发生树,用于应用自己的数学方法。
    要学的很多啊,呵呵,会常来看看的~

    柳城 回复:

    用clutalw试试看呗。。 我也不知道,没试过这么大批量的。几十个都够慢了。 几千个也来建树。。。

  2. myspace chips says:

    lol most of the remarks individuals enter are kinda silly, many a time i wonder whether they realistically read the content and threads before leaving your 2 cents or whether or not they only just skim the title of the article and post only the first thought that pops into their brain. in any event, it is actually enjoyable to read through clever commentary from time to time rather than the same, old blog vomit that i ordinarily see on the internet i’m going to play a smattering of rounds of facebook poker good bye

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